Jason je mrtvý a Abbies se před městem shromažďují k drtivému útoku. Z Thea je neoficiálně nový vůdce komunity. Jasonův plán ale stále platí. 60 % populace se odebere do stázových komor, aby se mohli probudit v lepší budoucnosti, kdy bude město Wayward Pines bezpečné. Během toho všeho zmatku musí Theo udělat nejtěžší rozhodnutí svého života, aby odrazil hrozbu Abbies.