2000 après JC, Second Impact. Version officielle : une météorite s'est abattue sur l'Antarctique. Le professeur Ritsuko Akagi apprend à Shinji que le ravage de la Terre et la mort de plus d'un milliard d'hommes n'étaient pas dus à une météorite, mais à un Ange apparut en Antarctique. Telle est aussi la raison de la création de la NERV, l'Agence destinée à contrer les Anges. Mais la NERV est une organisation coûteuse, qui bénéficie de financement exorbitants, mais elle n'est pas la seule. En effet, les attaques des Anges constituent une opportunité commerciale attrayante pour les consortiums de fabricants d'armes. Parmi ceux-ci, une entreprise développe un prototype de robot anti-Ange et s'apprête à démontrer publiquement la supériorité de sa machine en espérant ainsi récupérer les financements alloués à la NERV par les Nations Unis. Durant la démonstration, le robot s'emballe.