듀얼 아카데미에서 듀얼을 공부하며 즐겁게 생활하고 있는 루아와 루카. 하지만 교감 선생님은 듀얼 아카데미의 표준 점수가 떨어진 이유가 루아와 루카의 반 성적이 형편없다고 판단해 반 학생들 전체를 퇴학시키기로 한다. 퇴학의 위기를 맞게 된 루아와 루카. 하지만 이때 유성이 수리 의뢰를 받아 듀얼 아카데미를 찾아오고, 그 수리 대상이 교감인 하이트만이란 사실을 알게 된다. 이렇게 해서 유성은 아이들이 퇴학당하는 것을 막기 위해 하이트만과 듀얼을 시작한다.