Niwa Daisuke is een gemiddelde tiener, tot zijn veertiende verjaardag. Hij probeert zijn liefde te verklaren aan het meisje van zijn dromen, maar dat mislukt. Wanneer hij aan dit meisje denkt, verandert hij plotseling in de legendarische fantoomdief die bekend staat als Dark Mousy. Daisuke's moeder, die zich hiervan zeer bewust is, zorgt ervoor dat hij in Dark verandert en waardevolle kunstwerken steelt voor een doel dat Daisuke onbekend is. Naarmate het verhaal zich ontvouwt, leert hij waarom, en over zijn klasgenoot die hetzelfde vermogen lijkt te hebben.