Holt McCallany urodził się w Nowym Jorku, jest synem aktorki Julie Wilson z drugiego małżeństwa, ma brata Michaela. Gdy związek rodziców się skończył, Holt z bratem przenieśli się do dziadków do Omaha, żeby matka mogła pracować i wspierać ich finansowo. Ukończył szkołę w Irlandii a następnie studiował w Paryżu. W wieku 20 lat wrócił do Nowego Jorku gdzie wystąpił na Broadwayu.