«Девятый отдел», находясь под руководством Дайсукэ Арамаки и Мотоко Кусанаги, имеет дело с преступлениями самого различного социального спектра и обычно достигает успеха. Однако столкнувшись с новым хакером уровня А, известного под прозвищем Смеющийся человек, команда вовлекается в опасную игру в кошки-мышки, идя по его следу, теряющемуся где-то в Японии.