År 2029, avsnitt 9, en grupp cybernetiskt förbättrade poliser, kallas in för att undersöka och stoppa en eftertraktad hacker känd som 'The Puppetmaster'. Ghost in the Shell 2.0 är en reproducerad version av dess ursprungliga motsvarighet från 1995. Bland flera förbättringar, inför filmens 2.0-release, fanns ett antal scener med 3D-animering, visuella förbättringar och ljudspår som spelades in i 6.1 surroundljud.